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| author | sillylaird <sillyfanboy@gmail.com> | 2026-09-03 00:33:59 +0000 |
|---|---|---|
| committer | sillylaird <sillyfanboy@gmail.com> | 2026-09-03 00:33:59 +0000 |
| commit | 898b52edcb47bcb3e9d6106e74ca73e74ea01e70 (patch) | |
| tree | 85c6ee5ad58b860144551184d4cf86b560c62b91 /.agents/skills/research-ideation/references/zotero-integration-guide.md | |
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| -rw-r--r-- | .agents/skills/research-ideation/references/zotero-integration-guide.md | 189 |
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diff --git a/.agents/skills/research-ideation/references/zotero-integration-guide.md b/.agents/skills/research-ideation/references/zotero-integration-guide.md new file mode 100644 index 0000000..63002a4 --- /dev/null +++ b/.agents/skills/research-ideation/references/zotero-integration-guide.md @@ -0,0 +1,189 @@ +# Zotero MCP 集成指南 + +通过 Zotero MCP 服务器实现文献管理的自动化集成。 + +## 1. 可用工具 + +### 1.1 浏览工具 + +| 工具 | 功能 | 使用场景 | +|------|------|---------| +| `zotero_get_collections` | 列出所有集合 | 查看已有研究项目 | +| `zotero_get_collection_items` | 获取集合中的条目 | 浏览特定集合的论文 | +| `zotero_search_items` | 搜索库中的条目 | 按关键词查找已有论文 | +| `zotero_get_item_metadata` | 批量获取条目元数据 | 获取论文详细信息 | +| `zotero_get_item_fulltext` | 获取 PDF 全文 | 阅读论文内容 | + +### 1.2 添加工具 + +| 工具 | 功能 | 使用场景 | +|------|------|---------| +| `zotero_add_items_by_identifier` | 智能导入论文 | 先解析 DOI / arXiv / PDF,再尽量落成 paper 或 preprint | +| `zotero_add_items_by_doi` | 通过 DOI 添加论文 | 自动获取元数据,并默认尝试 PDF cascade | +| `zotero_add_items_by_arxiv` | 通过 arXiv ID 添加预印本 | 适合 arXiv-only 论文,并默认尝试 arXiv PDF | +| `zotero_add_item_by_url` | 保存网页为条目 | 仅在确实需要保留网页资源时使用 | +| `zotero_create_collection` | 创建集合 | 组织研究项目 | +| `zotero_find_and_attach_pdfs` | 批量补挂 PDF | 对已有条目再跑一遍 PDF cascade | +| `zotero_add_linked_url_attachment` | 附加 URL 链接 | 关联在线资源 | + +### 1.3 引用工具 + +| 工具 | 功能 | 使用场景 | +|------|------|---------| +| `inject_citations` | 注入引用到 Word | 生成引用格式 | + +## 2. 集合组织策略 + +### 2.1 命名规范 + +``` +Research-{主题关键词}-{YYYY} +``` + +示例: +- `Research-TransformerInterpretability-2026` +- `Research-BrainDecoding-2026` +- `Research-RLHF-2026` + +### 2.2 标准子集合结构 + +``` +📁 Research-{topic}-{date} + ├── 📁 Core Papers(核心论文) + ├── 📁 Methods(方法论文) + ├── 📁 Applications(应用论文) + ├── 📁 Baselines(基线论文) + └── 📁 To-Read(待读论文) +``` + +各子集合用途: + +| 子集合 | 收录标准 | 典型数量 | +|--------|---------|---------| +| Core Papers | 直接相关、高引用的关键论文 | 5-15 篇 | +| Methods | 技术方法参考,可借鉴的方法论 | 10-20 篇 | +| Applications | 应用场景参考,领域实践 | 5-10 篇 | +| Baselines | 实验对比基准,需要复现的工作 | 3-8 篇 | +| To-Read | 初步筛选,待深入阅读 | 不限 | + +## 3. 自动化工作流 + +### 3.1 论文发现与导入 + +``` +WebSearch 搜索论文 + ↓ +从搜索结果中提取 DOI / arXiv ID / landing-page URL + ↓ +add_items_by_identifier 智能导入到 Zotero + ↓ +工具内部先尝试页面显式 PDF,再回退到 Unpaywall + ↓ +如果 Zotero Web API 无法直接挂上 PDF,而本地 Zotero Desktop 正在运行,则自动走本地修复路径 + ↓ +必要时运行 `zotero_reconcile_collection_duplicates` 做标准导入后去重 + ↓ +get_item_fulltext 读取全文进行分析 +``` + +默认终端输出只需要告诉用户: +- Imported as paper + PDF attached +- Imported as paper +- Saved as webpage + PDF attached +- Saved as webpage +- Collection dedupe summary: duplicate groups N, duplicates trashed M +- Missing PDF postpass: repaired N items + +只有在调试时,才展开 `route`、`pdf_source` 等实现细节。import ledger 属于内部状态,不应假设存在公开 MCP tool 用于读取它。 + +### 3.2 DOI 提取技巧 + +**从搜索结果 URL 中识别 DOI**: +- `https://doi.org/10.xxxx/xxxxx` — 直接 DOI 链接 +- `https://dl.acm.org/doi/10.xxxx/xxxxx` — ACM Digital Library +- `https://arxiv.org/abs/xxxx.xxxxx` — arXiv(DOI:`10.48550/arXiv.xxxx.xxxxx`) + +**常见 DOI 格式**: +- 以 `10.` 开头,包含 `/` 分隔符 +- 例:`10.1038/s41586-023-06747-5`(Nature) +- 例:`10.48550/arXiv.2301.00234`(arXiv) +- 例:`10.1145/3580305.3599256`(ACM/KDD) + +**CrossRef 查询**: +- 当 URL 中没有明显 DOI 时,可通过论文标题在 CrossRef 搜索获取 DOI + +### 3.3 全文阅读与笔记 + +``` +get_item_fulltext 获取全文 + ↓ +分析论文内容 + ↓ +提取关键信息 + ↓ +生成结构化笔记 +``` + +### 3.4 笔记模板 + +每篇论文的结构化笔记应包含: + +```markdown +## [论文标题] + +**基本信息**: +- 作者: +- 会议/期刊: +- 年份: +- DOI: + +**研究问题**: +- 解决什么问题? +- 为什么重要? + +**核心方法**: +- 主要技术路线 +- 关键创新点 + +**关键发现**: +- 主要实验结果 +- 重要结论 + +**局限性**: +- 方法局限 +- 实验局限 + +**与本研究的关联**: +- 可借鉴之处 +- 差异和改进空间 +``` + +## 4. 常见问题 + +### 4.1 API 速率限制 + +Zotero API 有速率限制,批量添加时建议: +- 每批不超过 10 篇论文 +- 批次之间适当间隔 +- 如遇到 429 错误,等待后重试 + +### 4.2 PDF 全文索引延迟 + +新上传的 PDF 需要时间索引: +- `zotero_get_item_fulltext` 返回空时,稍后重试 +- Zotero 客户端需要运行才能完成索引 +- 大型 PDF 索引时间较长 + +### 4.3 DOI 无法识别 + +部分论文可能没有标准 DOI: +- arXiv 预印本:使用 `10.48550/arXiv.{id}` 格式 +- Workshop 论文:尝试从出版商页面获取 +- 无法获取 DOI:优先尝试识别 arXiv ID 或页面中的 `citation_doi` / `citation_pdf_url`;只有仍无法确认 identifier 时,才回退为 `webpage` + +### 4.4 OA PDF 不可用 + +非开放获取论文无法通过 Unpaywall 获取 PDF: +- 检查作者主页是否有预印本版本 +- 检查 arXiv 是否有对应版本 +- 若仍拿不到 PDF,可在 Zotero Desktop 中手动附加 PDF,之后再运行全文或注释相关工作流 |
