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path: root/.agents/skills/research-ideation/references/zotero-integration-guide.md
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authorsillylaird <sillyfanboy@gmail.com>2026-09-03 00:33:59 +0000
committersillylaird <sillyfanboy@gmail.com>2026-09-03 00:33:59 +0000
commit898b52edcb47bcb3e9d6106e74ca73e74ea01e70 (patch)
tree85c6ee5ad58b860144551184d4cf86b560c62b91 /.agents/skills/research-ideation/references/zotero-integration-guide.md
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import live www.sillylaird.ca webrootHEADmain
Diffstat (limited to '')
-rw-r--r--.agents/skills/research-ideation/references/zotero-integration-guide.md189
1 files changed, 189 insertions, 0 deletions
diff --git a/.agents/skills/research-ideation/references/zotero-integration-guide.md b/.agents/skills/research-ideation/references/zotero-integration-guide.md
new file mode 100644
index 0000000..63002a4
--- /dev/null
+++ b/.agents/skills/research-ideation/references/zotero-integration-guide.md
@@ -0,0 +1,189 @@
+# Zotero MCP 集成指南
+
+通过 Zotero MCP 服务器实现文献管理的自动化集成。
+
+## 1. 可用工具
+
+### 1.1 浏览工具
+
+| 工具 | 功能 | 使用场景 |
+|------|------|---------|
+| `zotero_get_collections` | 列出所有集合 | 查看已有研究项目 |
+| `zotero_get_collection_items` | 获取集合中的条目 | 浏览特定集合的论文 |
+| `zotero_search_items` | 搜索库中的条目 | 按关键词查找已有论文 |
+| `zotero_get_item_metadata` | 批量获取条目元数据 | 获取论文详细信息 |
+| `zotero_get_item_fulltext` | 获取 PDF 全文 | 阅读论文内容 |
+
+### 1.2 添加工具
+
+| 工具 | 功能 | 使用场景 |
+|------|------|---------|
+| `zotero_add_items_by_identifier` | 智能导入论文 | 先解析 DOI / arXiv / PDF,再尽量落成 paper 或 preprint |
+| `zotero_add_items_by_doi` | 通过 DOI 添加论文 | 自动获取元数据,并默认尝试 PDF cascade |
+| `zotero_add_items_by_arxiv` | 通过 arXiv ID 添加预印本 | 适合 arXiv-only 论文,并默认尝试 arXiv PDF |
+| `zotero_add_item_by_url` | 保存网页为条目 | 仅在确实需要保留网页资源时使用 |
+| `zotero_create_collection` | 创建集合 | 组织研究项目 |
+| `zotero_find_and_attach_pdfs` | 批量补挂 PDF | 对已有条目再跑一遍 PDF cascade |
+| `zotero_add_linked_url_attachment` | 附加 URL 链接 | 关联在线资源 |
+
+### 1.3 引用工具
+
+| 工具 | 功能 | 使用场景 |
+|------|------|---------|
+| `inject_citations` | 注入引用到 Word | 生成引用格式 |
+
+## 2. 集合组织策略
+
+### 2.1 命名规范
+
+```
+Research-{主题关键词}-{YYYY}
+```
+
+示例:
+- `Research-TransformerInterpretability-2026`
+- `Research-BrainDecoding-2026`
+- `Research-RLHF-2026`
+
+### 2.2 标准子集合结构
+
+```
+📁 Research-{topic}-{date}
+ ├── 📁 Core Papers(核心论文)
+ ├── 📁 Methods(方法论文)
+ ├── 📁 Applications(应用论文)
+ ├── 📁 Baselines(基线论文)
+ └── 📁 To-Read(待读论文)
+```
+
+各子集合用途:
+
+| 子集合 | 收录标准 | 典型数量 |
+|--------|---------|---------|
+| Core Papers | 直接相关、高引用的关键论文 | 5-15 篇 |
+| Methods | 技术方法参考,可借鉴的方法论 | 10-20 篇 |
+| Applications | 应用场景参考,领域实践 | 5-10 篇 |
+| Baselines | 实验对比基准,需要复现的工作 | 3-8 篇 |
+| To-Read | 初步筛选,待深入阅读 | 不限 |
+
+## 3. 自动化工作流
+
+### 3.1 论文发现与导入
+
+```
+WebSearch 搜索论文
+ ↓
+从搜索结果中提取 DOI / arXiv ID / landing-page URL
+ ↓
+add_items_by_identifier 智能导入到 Zotero
+ ↓
+工具内部先尝试页面显式 PDF,再回退到 Unpaywall
+ ↓
+如果 Zotero Web API 无法直接挂上 PDF,而本地 Zotero Desktop 正在运行,则自动走本地修复路径
+ ↓
+必要时运行 `zotero_reconcile_collection_duplicates` 做标准导入后去重
+ ↓
+get_item_fulltext 读取全文进行分析
+```
+
+默认终端输出只需要告诉用户:
+- Imported as paper + PDF attached
+- Imported as paper
+- Saved as webpage + PDF attached
+- Saved as webpage
+- Collection dedupe summary: duplicate groups N, duplicates trashed M
+- Missing PDF postpass: repaired N items
+
+只有在调试时,才展开 `route`、`pdf_source` 等实现细节。import ledger 属于内部状态,不应假设存在公开 MCP tool 用于读取它。
+
+### 3.2 DOI 提取技巧
+
+**从搜索结果 URL 中识别 DOI**:
+- `https://doi.org/10.xxxx/xxxxx` — 直接 DOI 链接
+- `https://dl.acm.org/doi/10.xxxx/xxxxx` — ACM Digital Library
+- `https://arxiv.org/abs/xxxx.xxxxx` — arXiv(DOI:`10.48550/arXiv.xxxx.xxxxx`)
+
+**常见 DOI 格式**:
+- 以 `10.` 开头,包含 `/` 分隔符
+- 例:`10.1038/s41586-023-06747-5`(Nature)
+- 例:`10.48550/arXiv.2301.00234`(arXiv)
+- 例:`10.1145/3580305.3599256`(ACM/KDD)
+
+**CrossRef 查询**:
+- 当 URL 中没有明显 DOI 时,可通过论文标题在 CrossRef 搜索获取 DOI
+
+### 3.3 全文阅读与笔记
+
+```
+get_item_fulltext 获取全文
+ ↓
+分析论文内容
+ ↓
+提取关键信息
+ ↓
+生成结构化笔记
+```
+
+### 3.4 笔记模板
+
+每篇论文的结构化笔记应包含:
+
+```markdown
+## [论文标题]
+
+**基本信息**:
+- 作者:
+- 会议/期刊:
+- 年份:
+- DOI:
+
+**研究问题**:
+- 解决什么问题?
+- 为什么重要?
+
+**核心方法**:
+- 主要技术路线
+- 关键创新点
+
+**关键发现**:
+- 主要实验结果
+- 重要结论
+
+**局限性**:
+- 方法局限
+- 实验局限
+
+**与本研究的关联**:
+- 可借鉴之处
+- 差异和改进空间
+```
+
+## 4. 常见问题
+
+### 4.1 API 速率限制
+
+Zotero API 有速率限制,批量添加时建议:
+- 每批不超过 10 篇论文
+- 批次之间适当间隔
+- 如遇到 429 错误,等待后重试
+
+### 4.2 PDF 全文索引延迟
+
+新上传的 PDF 需要时间索引:
+- `zotero_get_item_fulltext` 返回空时,稍后重试
+- Zotero 客户端需要运行才能完成索引
+- 大型 PDF 索引时间较长
+
+### 4.3 DOI 无法识别
+
+部分论文可能没有标准 DOI:
+- arXiv 预印本:使用 `10.48550/arXiv.{id}` 格式
+- Workshop 论文:尝试从出版商页面获取
+- 无法获取 DOI:优先尝试识别 arXiv ID 或页面中的 `citation_doi` / `citation_pdf_url`;只有仍无法确认 identifier 时,才回退为 `webpage`
+
+### 4.4 OA PDF 不可用
+
+非开放获取论文无法通过 Unpaywall 获取 PDF:
+- 检查作者主页是否有预印本版本
+- 检查 arXiv 是否有对应版本
+- 若仍拿不到 PDF,可在 Zotero Desktop 中手动附加 PDF,之后再运行全文或注释相关工作流